4198年，最后一个人类灵魂消散，存活下来的人类只有之前和复制品成功结合的一小部分。
5012年，地球被外星人(！！！)入侵，太空大战就此展开。埃米尔成功复制了超过8500多万个自己以抵抗外星人。机器生命逐渐占领地球，机械纪元中的机器生命正是由外星人所操控的。
之后的数千年机器人被制造出来抵抗外星人侵略却是节节败退。11939年第十四次机械大战爆发，残存的人类逃离到月球表面，制造出了YoRHa(2B就是 YoRHa No.2 Type B)部队。机械纪元的故事就此展开。
YoRHa部队目前确定的成员有,2B, A2, 9S。 之前的预告片YoRHa指挥官最后说了一句话：你们就是YoRHa仅存的两名成员了
常年的战争使各地民不聊生，2025年第一个“复制人”诞生。复制人是为了解决灵魂分离后的人类醒来失去肉体的情况。2030年红眼在耶路撒冷被杀，失去首领的军团很快不复威胁。
然而WCS的传播仍未停止，2032年民众终于同意了Gesalt计划。机器人被制造出来看护人类。制造出来的复制体免疫WCS并被赋予了最基本的智能。次年Grimoire计划实施，旨在存放人类的灵魂到一个书一样的容器中。
Grimoire计划下13本书被造了出来，头两部被分别命名白之书与黑之书。如果它们被同时启动人类就会立即在复制品体内被唤醒。之后科学家发现被剥离的灵魂如果在幽魂状态下持续太久会失去理智最终发狂，唯一的预防措施只有从一个剥离成功后的灵魂抽取出固态玛索。黑之书被认为拥有最高几率制造出这种原型Gestalt, 于是数本黑之书的克隆被制造出来。
黑之书的克隆被分发给乞丐和穷人希望能找到一个原型Gestalt,尼尔和他的妹妹也拿到了一本，然而看到不少与黑之书签订契约的人被剥离后的灵魂暴走，尼尔带着妹妹逃离了新宿。
然而尼尔的妹妹尤娜染上了WCS, 世界净化阻止允诺尼尔如果他愿意自己的灵魂被抽取成为Gastalt,他们会冰封尤娜直到1000年后Gestalt计划彻底成功。为了拯救尤娜，尼尔和黑之书签订了契约，他成为了原型Gestalt和魔王向Gestalt计划持续提供玛索。
2764年，在机器人指令下不停与军团战斗以及清除玛索残余的复制人逐渐产生了自我意识。
3276年，一个想要拯救爱人的复制人带着爱人的尸体去了红眼被杀死的地方，耶路撒冷，希望那儿残留的白色迷雾能让他的爱人复活。从雾中出来的爱人眼睛却变成了红色，并且瞬间杀了这名青年，新一代红眼就此诞生。
3287年， 复活的红眼持续进攻复制人，然而有着一名机器人和4名复制人的小队经过艰苦战斗最终除掉了红眼，同时地球上最后一点玛索残余也被清除成功，净化成功结束。
3288年，净化后人类灵魂逐渐苏醒，然而当他们找到自己的复制体想要植入灵魂时，复制人却把这些灵魂当成怪物(他们的外表就是shade)，人类(shade)和复制人的大战就此展开。然而也有少数机器人管理者统治的地方复制人成功接受了人类的存在，并且让他们在自己体内被唤醒，而这些人也成为了机械纪元里仅存人类的祖先(推测)。
3300~，尽管有尼尔提供玛索，没有找到身体的人类灵魂还是不停狂化，见此情况尼尔日渐怀疑尤娜究竟能不能被治好,他决定自己采取行动
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